انستیتوت فیزیوتراپی در جهت توسعه و بهبود خدمات توانبخشی فیزیکی افغانستان از طریق آموزش فیزیوتراپیست ها و معلمان فیزیوتراپی، تهیه وسایل فیزیوتراپی و ترویج فیزیوتراپی کار می کند. اگرچه انستیتوت فیزیوتراپی دارای کلینیک معالجه فیزیوتراپی نیست، اما عمدتا بر آموزش و افزایش آگاهی تمرکز دارد.